علامه سید مرتضی عسگری غواص دریای معارف اهلبیت بودند ایشان در طول حیات پربرکت خود ده‌ها اثر تالیفی و تحقیقی خلق کرد که هر یک از آنها در زمان حیات علامه و اکنون کاهنده اختلافات و نزاع‌ها میان مذاهب اسلامی است.

او افزون بر بررسی کتب شیعه با تکیه بر کتاب و سنت، احادیث و روایات اهل سنت و به قول خود "مکتب خلفا" را نیز مورد بررسی قرار داد، به گونه‌ای که این آثار به مرجع و منبعی قابل اعتماد برای اهل سنت نیز مبدل شده است.

امروز اکثر آثار علامه در کشورهای عربی، به خصوص در کشور مصر مورد استقبال فراوان قرار گرفته و بارها تجدید چاپ شده است. از ویژگی‌های علامه عسگری، بیان روشن و واضح و نثر بسیار روان و سلیس آنهاست که خواننده را برای درک مطلب از ادبیات ثقیل به دور می‌دارد

از جمله کتب‌ علامه عسگری، کتاب‌هایی هستند که در بحث‌های قرآنی نگاشته شده‌اند مانند:

   القرآن الکریم و روایات المدرستین در 3 جلد که جلد اول به دروس مقدماتی جلد دوم به روایات مکتب خلفا و جلد سوم به روایات مکتب اهل بیت می‌پردازد و عقائدالاسلام من القرآن الکریم در 3 مجلد که یکی مربوط به مبدا تا معاد است دیگری به سیره انبیا و اوصیا اختصاص دارد و یکی هم با عنوان آخرین شریعت به چاپ رسیده است.

برخی دیگر از کتب علامه پیرامون تعالیم اسلامی نگاشته شده‌اند که از این قرارند:

   تعالیم الاسلام، احکام الاسلام، منتخب الادعیه، الاداب الاسلامیه، السیاسه فی الاسلام او الاحکام السلطانیه، الامراض الاجتماعیه و علاجها و معالم المدرستین در 4 جلد.

تعدادی دیگر از کتب علامه عسگری مربوط به بررسی سنت پیامبر اسلام است، این کتاب‌ها از این قرار است:

   احادیث ام المومنین عایشه در 3 جلد، عبدالله ابن سبا و دیگر افسانه‌های تاریخی در 3 جلد، سلسله بحث‌هایی پیرامون صحابی پیامبر و احادیث ساختگی، صد و پنجاه صحابی ساختگی (صحابیانی از طایفه تمیم)، صد و پنجاه صحابی ساختگی (صحابیانی از قبایل دیگر)، صد و پنجاه صحابی ساختگی (تکمله بحث صحابیانی از قبایل دیگر)، راویان ساختگی، انواع روایت‌های ساختگی و سازندگان احادیث، روایات دروغین و روایات زنادقه و غلات، سیره رسول خدا و اهل بیت و خدیجه ام المومنین، شناخت صحابی (کسانی که پیامبر را دیده‌اند و از ایشان روایت کرده‌اند)، شناخت صحابی (کسانی که پیامبر را دیده‌اند اما از ایشان روایت نکرده‌اند)، شناخت صحابی (کسانی که جزو صحابیان شمرده می‌شوند ولی پیامبر‌(ص) را ندیده‌اند و از ایشان روایت نکرده‌اند)، نقش ائمه‌(ع) در احیاء دین در 17 جلد، علی مائده الکتاب و السنه در 16 جلد. در این بین کتب دیگری وجود دارند که در دسته‌بندی فوق نمی‌گنجند. این کتب عبارتند از:

   منتخب الادعیه، المصطلحات الاسلامیه، منهج البحث التاریخی، حدیث الکساء، افترائات و اکاذیب عثمان الخمیس فی کتابه «لله و للتاریخ»، سقیفه، ادیان آسمانی و مساله تحریف، صلاه ابی بکر، مع ابی الفتوح التلیدی فی کتابه «الانوار الباهره».

   از میان کتب علامه بسیاری از آنها به زبان‌های فارسی، انگلیسی، اردو، ترکی، کردی، بنگلادشی و ... ترجمه شده است.

برخی کتب علامه عسگری بیش از بقیه توجه همگان را به خود معطوف کرده است. «القرآن الکریم و روایات المدرستین» که در 3 جلد تنظیم شده است از این جمله است.

   علامه عسگری در رابطه با موضوع و هدف این کتاب چنین گفته است:

می‌دانید که حاجی‌نوری (محدث نوری) کتابی دارد با عنوان فصل الخطاب فی تحریف کتاب رب الارباب. این کتاب، چاپ سنگی بود و کمتر کسی از شیعه و سنی آن را دیده بود. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، احسان ظهیر با پول وهابی‌ها فصلی از این کتاب را که حاوی احادیث شیعه در باب تحریف قرآن بود چاپ کرد و اسمش را «الشیعه و القرآن» گذاشت. این کتاب و امثال آن، باعث شد که بعد از انقلاب، حدود دویست کتاب کوچک و بزرگ در رد شیعه، فقط در هند به چاپ برسد. در حالی که اصل حرف محدث نوری اشتباه است. در کتاب «القرآن و روایات المدرستین» سعی کرده‌ام تمام اعتقادات شیعه را درباره قرآن، شفاف و مستند و دسته‌بندی شده بیاورم.

  «عقاید الاسلام من القرآن الکریم» که در 3 جلد تنظیم شده است یکی از طرح‌های مفصل و عالمانه علامه است که با هدف تقریب و وحدت بین فرقه‌های مسلمین تنظیم شده است و در واقع استخراج عقاید اسلام از درون قرآن کریم است.

علامه عسگری در رابطه با این کتاب خود چنین می‌گوید: در امت‌های گذشته، مجموعه وحی الهی به پیامبران، همه دین را در بر می‌گرفت، احکام، عقاید و اخلاق؛ یعنی جزییات شریعت هم در کتاب آسمانی آنان وجود داشت. بعد از فوت پیامبرشان، زورگویان و حاکمان قدرتمند به تدریج هرچه را از کتاب آسمانی که مخالف اهداف و امیالشان بود حذف و تحریف و کتمان می‌کردند. بدین ترتیب مدتی پس از فوت وصی هر پیامبر، ربوبیت خدای تعالی اقتضا می‌کرد که پیامبری دیگر بفرستد و شریعت را تجدید کند، اما دین خاتم و نبی خاتم با ادیان گذشته متفاوت بود و خداوند تبارک و تعالی اراده کرده بود که این دین را به دو گونه به پیامبر وحی کند؛ یکی وحی به لفظ که همان قرآن است و تحریف ناپذیر،‌ دیگری وحی به معنا که لفظش از پیامبر است و ما به آن حدیث می‌گوییم.

  «معالم المدرستین» از دیگر کتب برجسته علامه عسگری است که در 4 جلد تنظیم شده است و دارای چنین مباحثی می‌باشد: بحث و بررسی پیرامون منابع و مصادر شریعت اسلامی در دو مکتب امامت و خلافت، همچنین بحث‌های دو مکتب درباره صحابه و صحابی بودن، سنت پیامبر(ص) و قیام امام حسین(ع) برضد انحراف از سنت پیامبر(ص) که بر اثر جهاد و عمل به رای پدید آمده بود و نیز تمکین و توانایی امامان شیعه(ع) در اعاده و بازگرداندن سنت پیامبر(ص) به جامعه اسلامی پس از قیام امام حسین(ع) از جمله مطالب است که در این کتاب مورد بررسی قرار گرفته است.

همچنین در بخشی دیگر مصطلحات بحث امامت و خلافت مانند شورا، خلیفه و خلیفه خدا در زمین، امیرالمومنین، امام، امر و اولی‌الامر، وصی و وصیت توضیح داده شده است.

  «احادیث ام المومنین عائشه» کتاب مهم دیگر علامه عسگری است. او در جلد اول این کتاب که در 4 جلد به نگارش درآمده است، به بازگویی وقایع دوران پیامبر(ص) تا پایان خلافت عثمان پرداخته است. عایشه در خانه پیامبر و نگاهی گذرا به زندگی عایشه و تعدد همسران پیامبر از جمله مسایل مطرح شده در جلد اول است.

   دوران امیرالمومنین(ع) نیز عنوان جلد دوم کتاب است که نویسنده در آن قسمتی از حوادث و پیش‌آمدهای تاریخی را از کتاب‌های معتبر و مدارک اصلی و اولی نقل کرده و در دسترس خواننده قرار داده است تا خواننده بتواند با خواندن آن شخصیت واقعی عایشه را بشناسد. در جلد سوم این کتاب نقش عایشه در تاریخ اسلام و در دوران معاویه بررسی شده است. در جلد چهارم نیز روایاتی که از عایشه نقل شده و روایاتی که به دروغ به او نسبت داده شده ذکر شده است.

علامه عسگری در «عبدالله بن سبا و دیگر افسانه‌های تاریخی» در 3 جلد با دلایل کافی اثبات می‌کند که عبدالله بن سبا یک موجود خیالی و پنداری است و حکایاتی که تاریخ‌نویسان در رابطه با او می‌گویند و او را سازنده مکتب تشیع قلمداد می‌کنند مشتی دروغ بیش نیست.

در مجموعه مباحث کتاب‌های «صحابیان ساختگی»، علامه عسگری به شرح تعدادی از صحابیان ساختگی می‌پردازد که با فرصت‌طلبی و دوست‌نمایی گرد پیامبر(ص) را گرفته بودند و جزو اصحاب به شمار می‌آمدند و گاه و بیگاه به عناوین مختلف در مقام تحریک دیگران برآمده و با ایجاد فتنه و آشوب، نظام مجتمع اسلام را بر هم می‌زدند.

علامه عسگری در زمان فوت نیز طرح‌ها و ایده‌هایی در سر داشت که همفکران او در دانشگاه اصول الدین و سایر هم‌سنگرانش می‌توانند با به سرانجام رساندن آنها تاثیر افکار علامه و وحدت مذاهب اسلامی را بیشتر کنند.