این خاطره به نقل از علامه مصباح می باشند که در یکی از دروس خود بیان فرموده اند:

 همواره سؤال هایی مطرح می شد که بین برخی بزرگان حوزه بر سر مباحث درسی مانند درس فلسفه اختلاف هایی مطرح است که برخی تدریس می کردند و برخی نظر خوشی نسبت به آن نداشتند که پرسیده می شد باید چه تصمیمی برای تحصیل در این مبانی گرفت ؟

مدتی در درس اسفار علامه شرکت می کردیم ، اما چندی درس تعطیل شد و در این باره سؤال کردیم ، علامه فرمودند : نظر برخی بزرگان آن بوده که این درس در حوزه علنی نشود و نامه هایی به مرحوم حضرت آیت الله بروجردی(ره) نوشته بودند که صلاح نیست در حوزه های علمیه که حوزه های فقه و اصول است اسفار تدریس شود !

مرحوم آیت الله بروجردی به مرحوم آیت الله طباطبایی پیغام دادند که : بنده پیش جهانگیرخان درس فلسفه را خوانده ام و آن زمان استاد شاگرد را انتخاب می کرد و هرکسی اجازه نداشت در این درس شرکت کند چراکه ممکن بود در این زمینه شبهاتی مطرح شود و کسانی که قدرت ذهنی قوی داشتند و زود تحت تأثیر این شبهات واقع نمی شدند اجازه ورود به کلاس داشتند  .

آیت الله بروجردی در این پیغام ادامه می دهند که ؛ شنیده ام درس شما عمومی است و افرادی شرکت می کنند که شبهات در ذهن آنها باقی می ماند و بعدها دچار مشکل می شوند و در پاسخ گویی به شبهات ناتوان هستند ؛ اگر صلاح می دانید درستان را محدود کنید و این بود که آیت الله طباطبایی همان روز درس را تعطیل کردند  .

علامه خدمت حضرت آیت الله بروجردی نامه ای نوشتند به این مضمون که : در صدد بودم تا کمبودی که در حوزه است را عهده دار شوم ، مطالعه ای در برنامه های حوزه و معارف اسلام کردم که به عنوان اسلام شناس و مدافع عقاید اسلام باید چه چیزهایی را بدانیم و آنچه را باید بدانیم از چه منابعی به دست آوریم  .    حاصل مطالعه آن بود که آنچه باید از اسلام بدانیم این است که برخی چیزها صرفا از راه عقلی اثبات شدنی است و نمی توان گفت چون قرآن یا پیامبر فرموده « پس خدا هست » ، اما پس از این که حجیت قرآن و روایات ثابت شد دو مرجع دیگر برای شناخت حقایق اسلام پیدا می کنیم که یکی قرآن و دیگری حدیث است   .

علامه همچنین گفت « آنچه در حوزه مورد نیاز است تنها دروس فقه و اصول و فقهی که برای استنباط احکام فقهی مقدم است ، نیست ؛ در فقه تنها به چند آیه استناد می شد و گاهی هم خیلی احتیاج به آیه نمی دیدند و تنها به روایات و در روایات هم تنها به روایاتی که مربوط به احکام فقهی بود استناد می کردند و در حوزه به سایر روایات بحثی نمی شد » .

آیت الله مصباح ادامه می دهد : علامه آیت الله طباطبایی پاسخ گویی فارغ التحصیلان حوزه را از قرآن و همه بخش های روایاتی که از اهل بیت(ع) رسیده به ویژه در بخش پاسخ به شبهات منافقان را ضروری دانسته بود ، ایشان در آن نامه به آیت الله بروجردی نوشتند « احساس کردم وظیفه شرعی ام آن است که در این خلأها به اندازه توان خودم کار کنم و این بود که یک درس تفسیر شروع کردم در حالی که درس تفسیر رسمی در حوزه وجود نداشت » .

رییس مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) با اشاره به این که در دوران گذشته برای استدلال های عقلی و برنامه تربیت اخلاقی هیچ برنامه خاصی وجود نداشت ، یادآور شد : در آن زمان آقایان مهدوی کنی و محمدی گیلانی از شاگردهای درس اخلاق حضرت علامه بودند و یادشان هست که ایشان بعدها درس اخلاق را با ملاحظاتی تعدیل کردند و درس فلسفه و تفسیر را به عنوان یک واجب متعین ادامه دادند.

علامه طباطبایی در ادامه نامه خود به حضرت آیت الله بروجردی مرقوم فرمودند که « شما مرجع و پیشوای من هستید و اگر از ادامه تدریس این مباحث نهی بفرمایید حجتی برای من پیش خدا می شود که درس هایم را تعطیل کنم اما اگر نهی نفرمایید طبق وظایف شرعی ام که واجبی برای خود می دانم ادامه می دهم » که حضرت آیت الله بروجردی فرمودند هرطور که صلاح می دانید اقدام کنید ..